Trong thời gian chiến sự lẫn ngay sau khi ngừng bắn đã có nhiều tội ác chiến tranh xảy ra đối với thường dân và tù binh. Ngoài các nạn nhân của cuộc ném bom Rotterdam ngày 14 tháng 5[ct 9] thì ngày 27 tháng 5 năm 1940, quân Đức đã tiến hành cuộc thảm sát tại Vinkt, Bỉ, giết hại hơn 130 dân thường. Trong ngày hôm sau tại Oignies và Courrières, 114 dân thường đã bị sát hại bởi lính không chính quy Đức.[412] Cùng ngày, Trung đoàn Leibstandarte SS Adolf Hitler đã sát hại từ 80 - 97 lính Anh và Pháp trong cuộc thảm sát Wormhout. Sư đoàn SS Totenkopf cũng chịu trách nhiệm giết hại hàng loạt tù binh chiến tranh, chẳng hạn như 99 lính Anh trong vụ thảm sát Le Paradis, hay tù binh da đen châu Phi trong các vụ khác. Ước tính khoảng 1.500-3.000 binh sĩ thuộc địa trong Quân đội Pháp đã bị giết sau khi rơi vào tay quân Đức ở thời kỳ cuối của trận đánh.[413]

Ngoài các vụ thảm sát, sử gia Raul Hilberg và một số tác giả khác cáo buộc rằng Bộ Tư lệnh Tối cao Các Lực lượng Vũ trang Đức (OKW) đã ban hành một số mệnh lệnh trái luật pháp quốc tế trong tháng 6 năm 1940, trong đó có lệnh cô lập và giết hại người Do Thái gốc Đức phục vụ trong Quân đội Pháp.[414][415]

Tù nhân Do Thái trong chiến tranh đã bị đưa vào các trại tập trung và buộc phải đóng những dấu hiệu đặc biệt lên người. Chỉ có sự can thiệp của Ủy ban quốc tế Chữ thập đỏ mới dẫn đến một lệnh cấm về hành động ghi dấu này.[416]